Il mistero della pietra magica è un film ambientato alla periferia di Black Falls, un paesino dove tutto è perennemente immobile, case tutte uguali, cittadini che lavorano tutti nella stessa ditta la Black Box in cui vive l’undicenne Toe Thompson, che è in cerca di qualcosa di nuovo e soprattutto di nuove amicizie. All’improvviso però tutto cambia, a causa di un misterioso sasso color arcobaleno che piove dal cielo e colpisce Toe. La misteriosa Roccia Arcobaleno ha il potere di esaudire i desideri di chiunque la stringa per cui il quartiere diventa un caos, a causa dei tanti oggetti desiderati dai vari ragazzi, navicelle spaziali, coccodrilli e ed ogni altro oggetto sono sparsi in ogni angolo. I veri guai cominciano però quando la pietra finisce nelle mani degli adulti, Toe e i suoi amici capiscono di dover intervenire per salvare la città dai suoi stessi abitanti.